병원 MSO 수수료, 몇 %면 안전한가요

핵심 답변

정원세무회계가 받은 병·의원 세무 상담 질문 가운데 이런 문장이 있었습니다. "원장님들 절세용으로 MSO(병원경영지원회사) 가족법인 많이 만든다는데 수수료 몇 % 줘야 국세청에 안 털리나요?"

답부터 쓰면, 부당행위계산과 비용 인정에 관한 법인세법·소득세법과 그 시행령에는 «이 비율 이하면 안전하다»고 정해 둔 수수료율이 없는 것으로 보입니다. 법이 묻는 것은 비율이 아니라, 서로 다른 두 가지입니다.

• 부당행위계산: 특수관계인(가족·친족 등 이해관계가 얽힌 사람이나 법인) 사이의 가격이 특수관계가 없는 사이의 거래 가격(시가)과 얼마나 다른가. 세금을 부당하게 줄였다고 인정되면 세무서가 시가를 기준으로 소득을 다시 계산합니다
• 비용 인정: 수수료에 해당하는 일을 실제로 했는가. 소득세법은 필요경비, 법인세법은 손금(세금 계산에서 비용으로 인정되는 금액), 국세기본법은 실질과세(이름이 아니라 실제 내용에 따라 과세)가 근거입니다

그래서 «몇 %를 줄까»보다 «MSO가 어떤 일을 맡고, 같은 일을 남에게 맡기면 값이 얼마인가»를 먼저 묻는 순서가 맞는 셈입니다.

법에 나오는 3억원·5%라는 숫자는 부당행위계산 규정을 적용할지 가르는 적용 기준선(문턱)일 뿐, 수수료 안전선이 아닙니다.

정원세무회계는 병원 안에서 업무별로 직원들의 직무가 명확히 구분되는 것을 MSO 검토의 기본으로 봅니다. 법령 요건은 아니고 이 사무소가 검토 순서상 가장 먼저 확인하는 사항이며, 가능 여부는 병원마다 다릅니다.

적용 범위와 전제

• 개인 원장이 운영하는 의원이 가족이 참여하는 MSO 법인에 경영지원 대가를 지급하는 경우를 기준으로 씁니다. 특수관계인 판단도 개인 원장을 본인으로 놓은 기준이며, 병원이 법인인 경우의 조문은 따로 표시했습니다
• 이 글에서 «수수료»는 MSO가 병원에 제공하는 경영지원 용역의 대가를 뜻합니다
• 아래에서 보는 조문에는 «MSO»라는 낱말이 나오지 않습니다. 그래서 특수관계인에게 용역 대가를 지급하는 거래의 일반 규정을 MSO에 적용해 보는 방식으로 설명합니다

법에 수수료율이 없는 이유 — 기준은 «부당하게 감소»입니다

법인세법 제52조 제1항은, 법인이 특수관계인과 거래해 세금을 부당하게 줄였다고 인정되면 세무서가 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산한다고 정합니다. 소득세법 제41조 제1항도 사업소득이 있는 개인에 대해 같은 취지로 정합니다.

두 조문이 내세우는 요건은 «특수관계인과의 거래»와 «세금 부담의 부당한 감소»입니다. 어느 쪽에도 허용되는 비율이 적혀 있지 않고, 특수관계인 사이의 가격이 정상적인 거래 가격에서 벗어났는지를 보는 구조입니다.

병원의 형태에 따라 적용받는 조문이 갈립니다.

누가	어떤 거래	근거
개인 원장(사업소득)	특수관계인에게서 용역을 높은 대가로 제공받음	소득세법 제41조, 같은 법 시행령 제98조 제2항 제3호
법인인 병원	용역을 시가보다 높은 요율로 제공받음	법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제7호
MSO 법인	용역을 무상 또는 시가보다 낮은 요율로 제공함	법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호

표의 두 번째와 세 번째 줄을 함께 보면 시가보다 높아도 낮아도 시가와 견주어 본다는 뜻으로 볼 수 있습니다.

가족이 참여하면 특수관계인에 해당하나

소득세법 시행령 제98조 제1항은 소득세법 제41조의 특수관계인을 국세기본법 시행령 제1조의2에 따른 특수관계인으로 정합니다. 그 조문은 친족관계를 4촌 이내의 혈족, 3촌 이내의 인척, 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자 포함) 등으로 정합니다.

법인이 특수관계인이 되는 경우는 같은 조 제3항 제1호와 제4항 제1호가 정합니다. 원장 본인이 직접, 또는 친족이나 경제적 연관관계에 있는 사람을 통해 그 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하고 있으면 그 법인이 특수관계인입니다.

영리법인에서 지배적인 영향력은 두 경우 중 하나로 봅니다. 하나는 발행주식총수 또는 출자총액의 30% 이상을 출자한 경우이고, 다른 하나는 임원 선임·해임이나 사업 방향 결정 등으로 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우입니다.

이를 병원 MSO에 적용하면, 원장 본인이나 가족이 MSO 지분 30% 이상을 갖고 있거나, 지분이 적어도 임원 선임·사업 방향을 사실상 정하고 있으면 그 MSO와의 거래는 특수관계인 거래로 보입니다. 가족이 참여한다는 사실만으로 모두 해당하는 것은 아닙니다.

지분이 없고 임원 선임·해임이나 사업 방향 결정 등 사실상 영향력도, 경제적 연관관계도 없는 외부 업체라면 이 규정의 대상이 아닌 것으로 봅니다. 그래도 그 대가가 자동으로 비용으로 인정되는 것은 아니며, 아래 «실제로 한 일» 기준은 그대로 적용되는 것으로 봅니다.

시가는 무엇으로 정하나 — 비교 대상과 계산법

법인세법 제52조 제2항은 시가를 건전한 사회 통념과 상거래 관행에 비추어 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 정의합니다. 이 가격에는 요율도 포함되므로, 수수료율도 시가 비교의 대상이 되는 셈입니다.

법인세법 시행령 제89조 제1항은 유사한 상황에서 그 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이나, 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격에 따른다고 정합니다.

그런 가격을 찾을 수 없는 용역은 같은 조 제4항 제2호가 따로 정합니다. 용역 제공에 든 원가(직접비와 간접비 포함)에, 그 원가에 유사한 용역제공거래의 수익률을 곱한 금액을 더한 금액이 시가입니다.

여기서 수익률은 매출액에서 원가를 뺀 금액을 원가로 나눈 율입니다. 소득세법 시행령 제98조 제4항은 개인에게도 이 방식을 준용하도록 합니다.

풀어 쓰면 «시가 = 원가 + (원가 × 비슷한 용역의 수익률)»로 볼 수 있습니다. 수수료가 적정한지 알아보는 순서는 두 가지로 정리됩니다.

1. 같은 일을 특수관계가 없는 업체에 맡기면 얼마인지, 실제 거래나 견적을 찾습니다
2. 그런 비교 거래가 없다면 MSO가 그 일에 쓴 원가와, 비슷한 용역을 하는 업체의 수익률을 모읍니다

어느 쪽이든 «병원 매출의 몇 %»라는 숫자 하나로는 시작할 수 없는 계산이라고 볼 수 있습니다. 매출 대비 비율 계약이 그 자체로 잘못은 아니지만, 그 비율이 위 계산 결과와 맞는지는 따로 확인해야 합니다.

5%와 3억원은 적용 문턱이지 수수료 안전선이 아닙니다

소득세법 시행령 제98조 제2항 단서와 법인세법 시행령 제88조 제3항에는 숫자가 나옵니다. 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때만 부당행위계산 규정을 적용한다는 부분이며, 앞에서 말한 적용 문턱이 바로 이 숫자입니다.

두 조건은 «그리고»가 아니라 «또는»으로 이어져 있어, 둘 중 하나라도 충족하면 적용 대상이 됩니다.

이 숫자를 «수수료율 5%까지는 괜찮다»로 읽으면 안 되는 이유가 둘 있습니다.

첫째, 5%는 수수료율이 아니라 시가와 실제 거래가액의 차이에 대한 문턱으로 볼 수 있습니다. 시가를 모르면 차이도 계산할 수 없습니다.

둘째, 이 문턱은 부당행위계산 규정을 적용하는 요건일 뿐입니다. 문턱에 못 미친다는 것은 그 규정이 적용되지 않는다는 뜻으로 볼 수 있고, 거래 전체가 문제없다는 확정은 아닙니다.

수수료가 비용으로 인정되려면 — 실제로 한 일이 있어야 합니다

소득세법 제27조 제1항은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비를 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것으로 정합니다. 법인세법 제19조 제2항도 손비를 사업과 관련하여 발생한 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 정합니다.

국세기본법 제14조 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정을 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 정합니다.

세 조문을 함께 읽으면, 실제 수행 여부가 핵심 기준 중 하나이며, 사업 관련성·통상성·증빙도 함께 보는 셈입니다. 증빙은 법인세법 제116조 제1항과 소득세법 제160조의2 제1항이 거래·비용 지출의 증명서류를 받아 5년간 보관하도록 정합니다.

같은 직원이 같은 일을 하는데 소속과 계약서 이름만 바뀌었다면, 그 대가를 새 일의 값이라 설명하기는 어렵다고 볼 수 있습니다. 정원세무회계가 직무 구분을 먼저 보는 이유도 여기에 있다고 판단합니다. 다만 직무 구분만으로 MSO가 가능하다는 뜻은 아닙니다.

세금보다 먼저 막히는 곳 — 의료법

의료법에는 MSO 구조와 부딪힐 수 있는 조항이 두 가지 있는 것으로 보입니다. 의료기관 개설 주체에 관한 제33조 제2항, 그리고 영리 목적의 환자 소개·알선·유인 금지(일부 예외 있음)를 정한 제27조 제3항입니다.

의료법 제33조 제2항은 의사·치과의사·한의사·조산사, 국가나 지방자치단체, 의료법인, 민법이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인, 그리고 일부 공공기관이 아니면 의료기관을 개설할 수 없다고 정합니다. 일반 회사 형태의 MSO는 어느 호에도 없으므로, MSO가 병원을 개설하는 주체가 되는 구조는 세금을 따지기 전에 의료법에서 먼저 확인할 문제로 볼 수 있습니다.

또 의료법 제27조 제3항은 누구든지 영리를 목적으로 환자를 의료기관이나 의료인에게 소개·알선·유인하는 행위 및 이를 사주하는 행위를 하여서는 아니 된다고 정하고, 단서에 일부 예외를 둡니다. MSO 마케팅 용역이 이 조항과 어떻게 만나는지는 의료법 기준으로 따로 판단해야 합니다.

계약 전에 준비할 것, 계약 후에 쌓을 것, 확인할 상대

자료는 구조를 그럴듯하게 보이게 하는 서류가 아니라, 실제로 있었던 일을 보여 주는 기록이어야 한다고 판단합니다.

계약 전 — 세무사와 상담하기 전에 모아 둘 것

• 직무 분담표: 병원 직원별 현재 업무와, MSO로 넘어가는 업무 목록
• 같은 용역의 견적 비교 자료: 특수관계가 없는 업체의 견적서나 실제 거래 내역
• MSO 원가 추정: 인건비·임차료 등 예상 원가와, 비슷한 용역을 하는 업체의 수익률 자료
• 지분·임원 현황: 주주 명부, 임원 명단, 원장과의 관계, 경영 결정에 관여하는 사람

계약 후 — 운영하면서 쌓을 것

• 용역 계약서: 업무 범위, 대가를 정하는 산식, 계약 기간
• 수행 업무 기록: 담당자, 투입 시간, 결과물
• 대가 지급 내역(세금계산서, 이체 내역)

MSO 법인은 법인세법 제52조 제3항에 따라 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 하므로, 이 거래 목록은 처음부터 정리해 두는 편이 좋다고 판단합니다.

누구에게 확인하나

• 특수관계인 해당 여부, 시가 산정, 비용 인정 같은 세무 쪽은 세무사에게 확인하는 것을 권장합니다
• 의료기관 개설·운영의 적합성과 마케팅 용역의 환자 소개·알선·유인 해당 여부는 의료법 전문가에게 확인하는 편이 좋다고 판단합니다

이 글의 한계

• 특정 수수료율이 적정한지는 판단하지 않았습니다. 답은 계약 내용과 실제 업무에 따라 달라집니다
• 질문 뒷부분의 «안 털리나요»는 다루지 않았습니다. 세무조사 대상으로 선정되는 방식은 범위 밖입니다
• 의료법은 개설 자격과 환자 유인 금지 조문만 확인했습니다. 이 밖의 제한이 더 있을 수 있고, 벌칙·행정처분·판례는 확인하지 않았습니다
• 특수관계인 해당 여부는 지분 구조와 경영 관여 정도를 봐야 하므로 이 글로 판정할 수 없습니다
• 법령은 2026년 10월 2일 법제처 국가법령정보센터에서 확인한 현행 조문 기준이며, 이후 개정될 수 있습니다

결론

수수료를 정하는 일은 비율을 고르는 일이 아니라 근거를 갖추는 일입니다. MSO가 맡을 업무를 먼저 나누고, 같은 일의 시가를 견적이나 원가로 설명할 수 있어야 하며, 의료기관 개설 자격 같은 문제는 세금과 별개로 의료법에서 먼저 따져야 합니다.

아래에 해당한다면 지금이 검토를 시작할 때로 봅니다.

• 넘길 업무를 정리하지 못한 병의원: 수수료율에 앞서 직무 분담표부터 만드시기를 권장합니다
• 가족 참여 MSO와의 거래 가격을 비교 거래나 원가로 설명해 본 적 없는 병의원: 견적 비교 자료, MSO 원가 추정, 지분·임원 현황을 들고 세무사와 상담합니다
• MSO가 병원 운영이나 환자 모집에 관여하는 구조를 생각하는 병의원: 의료법 전문가에게 먼저 확인합니다

세 경우 모두 수수료 계약서에 서명하기 전에 이 순서를 밟는 것을 권장합니다.

공식 근거 및 확인일

• 「법인세법」 제52조(부당행위계산의 부인) 제1항~제3항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「법인세법」 제19조(손금의 범위) 제2항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「법인세법 시행령」 제88조(부당행위계산의 유형 등) 제1항·제3항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「법인세법 시행령」 제89조(시가의 범위 등) 제1항·제4항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「소득세법」 제41조(부당행위계산) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「법인세법」 제116조(지출증명서류의 수취 및 보관) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「소득세법」 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「소득세법」 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「소득세법 시행령」 제98조(부당행위계산의 부인) 제1항~제4항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「국세기본법 시행령」 제1조의2(특수관계인의 범위) 제1항·제3항·제4항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「국세기본법」 제14조(실질과세) 제2항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「의료법」 제33조(개설 등) 제2항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 「의료법」 제27조(무면허 의료행위 등 금지) 제3항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-02
• 정원세무회계 상담 사례·검토 기준(사무소 자료)

작성·검토

작성 박훈 세무사 · 최종 확인일 2026-10-02

내부 링크

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