가산디지털단지에서 법인을 새로 세울 때 — 설립 전에 정해 둘 세무 기준

핵심 답변

"가산디지털단지에서 법인을 새로 만들면 세무 쪽으로 무엇부터 준비해야 하나요?" 이런 물음에는 신고 서류보다 먼저, 나중에 고치기 비싼 것부터 정해 두시기를 권장합니다.

설립 직후에 내는 신고는 기한이 법에 정해져 있어서, 기한을 달력에 적고 붙일 서류(주주등의 명세서 등)를 미리 준비하면 됩니다. 반면 설립 때 정한 주주 구성, 정관, 사무실 확보 방식, 개인 돈과 법인 돈의 구분은 한번 굳으면 바꾸는 데 절차가 따르고, 주식을 옮기면 양도세나 증여세 문제가 생길 수 있습니다.

• 설립 등기 전에 정할 것: ① 누가 주식을 몇 % 갖는가 ② 정관에 적을 결산일과 퇴직급여의 근거 ③ 사무실을 분양받을지 임차할지와 계약 명의(분양 계약이 등기보다 먼저라면 명의부터 확인) ④ 대표 개인 돈과 법인 돈을 나누는 규칙
• 등기 뒤 첫 주주총회에서 정해도 되는 것(늦어도 첫 보수·상여 지급 전): 이사 보수 한도, 임원 상여금 지급기준
• 임원에게 퇴직급여를 지급하기 전까지 정해도 되는 것: 정관의 근거 조항 아래에 두는 구체적인 금액과 규정

적용 범위와 전제

• 가산·구로·금천에서 제조·유통·IT 법인을 새로 세우려는 대표를 위해 정원세무회계(가산디지털단지) 대표세무사 박훈이 쓴 글입니다
• 개인사업자 없이 처음부터 주식회사를 세우는 경우를, 지식산업센터 입주를 중심으로 다룹니다

기한이 정해진 신고는 달력에 적어 두면 됩니다

무엇	언제	근거
법인 설립신고	설립등기일부터 2개월 이내. 설립신고서에 주주등의 명세서와 사업자등록 서류 등을 붙여 관할 세무서장에게 냅니다	법인세법 제109조 제1항, 시행령 제152조 제1항
사업자등록	사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내. 개시일 이전에도 신청할 수 있습니다	부가가치세법 제8조 제1항

법은 사업자등록을 한 때에는 법인 설립신고를 한 것으로 본다고 정합니다(법인세법 제109조 제1항 후단). 다만 설립신고를 하기 전에 먼저 사업자등록을 한다면 설립신고서에 붙일 주주등의 명세서를 사업자등록 때 함께 제출해야 합니다(법인세법 제111조 제1항).

법인세 신고는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내이며(법인세법 제60조 제1항), 일정은 법인세 신고 전 점검에서 다뤘습니다.

먼저 정할 것 ① 누가 주식을 몇 % 갖는가

지분율이 바로 결과를 바꾸는 규정 둘

첫째는 국세기본법 제39조의 과점주주입니다. 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식 합계가 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 법인 경영에 지배적 영향력을 행사하는 자들을 과점주주라 합니다.

법인 재산으로 법인의 국세를 내기에 부족하면 이들이 그 부족액에 대해 제2차 납세의무를 집니다. 과점주주의 책임은 부족액을 발행주식 총수(의결권 없는 주식 제외)로 나눈 금액에 그 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수를 곱한 금액이 한도입니다(같은 조 단서). 지분을 나눠 설립해도 대통령령이 정한 특수관계인에 해당하는 사람의 지분을 합쳐 50%를 넘고 대표가 경영을 지배하면 이 규정이 문제될 수 있는 것으로 보입니다.

둘째는 지방세법 제7조 제5항입니다. 법인의 주식을 취득해 과점주주가 되면 그 과점주주가 법인의 부동산등을 취득한 것으로 봅니다. 다만 법인 설립 시에 발행하는 주식을 취득해 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않습니다.

그래서 법인이 사무실을 가질 계획이라면, 설립 뒤에 주식을 사들여 새로 과점주주가 되는 일이 없도록 설립 때 최종 지분을 정해 두는 편이 단순하다고 볼 수 있습니다.

비상장법인 주식을 팔면 양도소득세 문제가 됩니다(소득세법 제94조 제1항 제3호 나목). 무상이나 현저히 낮은 대가로 넘기면 증여세 문제가 됩니다(상속세 및 증여세법 제4조 제1항 제1호·제2호). 그래서 3~5년 뒤의 주주 구성을 적어 보고 설립 지분을 거기에 맞추시기를 권장합니다.

먼저 정할 것 ② 정관에 적어 두는 것

이사 보수와 상여금

이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 않으면 주주총회의 결의로 정합니다(상법 제388조).

임원 상여금은 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의로 정한 급여지급기준을 넘겨 지급하면 그 초과금액이 손금(세금 계산에서 비용으로 인정되는 금액)에 들지 않습니다(법인세법 시행령 제43조 제2항). 상여를 줄 계획이라면 지급 전에 기준을 정해 두시기를 권장합니다.

퇴직급여의 근거

임원 퇴직급여는 정관에 정한 금액(계산 기준이 적힌 경우나 정관이 위임한 퇴직급여지급규정이 있는 경우 포함)을 넘는 부분이 손금에 들지 않고, 그런 정함이 없으면 퇴직 전 1년 총급여액의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액을 넘는 부분이 손금에 들지 않습니다(법인세법 시행령 제44조 제4항·제5항).

그래서 설립 때는 정관에 퇴직급여의 근거와 규정 위임 조항을 두고, 구체적인 금액과 규정은 임원에게 퇴직급여를 지급하기 전까지 정하면 되는 것으로 볼 수 있습니다. 다만 퇴직 직전에 만든 규정은 그 시기와 경위가 다툼이 될 수 있어, 임원이 재직하는 동안 미리 만들어 두시기를 권장합니다. 정관에 위임 조항만 있고 퇴직 시점에 유효한 지급규정이 없다면, 법인세상 손금산입 한도는 위 시행령의 기본 산식(퇴직 전 1년 총급여 × 10% × 근속연수)이 적용됩니다.

왜 설립 때가 쉬운가

정관은 설립 때는 발기인이 작성합니다(상법 제289조 제1항). 설립 뒤에 바꾸려면 주주총회 결의가 있어야 하고(제433조 제1항), 출석한 주주의 의결권 3분의 2 이상과 발행주식 총수의 3분의 1 이상이 찬성해야 합니다(제434조). 이 특별결의 요건을 채워야 하는 점이 설립 때와 다른 절차인 셈입니다.

결산일

정관 등에 사업연도 규정이 없으면 설립신고 또는 사업자등록 때 신고해야 하고, 신고하지 않으면 1월 1일부터 12월 31일까지가 사업연도입니다(법인세법 제6조 제2항·제5항). 결산월을 나중에 바꾸려면 직전 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 신고해야 하므로(법인세법 제7조 제1항), 정관에 적었다면 정관 변경 결의도 필요합니다. 그래서 설립 때 정관에 적어 두시기를 권장합니다.

먼저 정할 것 ③ 사무실을 어떻게 확보하는가

지식산업센터에 입주한다면 분양인지 임차인지, 분양이라면 누구 명의인지에 따라 감면 대상 여부가 갈립니다. 지방세특례제한법 제58조의2 제2항은 지식산업센터를 설립한 자로부터 최초로 분양받은 입주자 가운데 중소기업을 영위하는 자에게 다음과 같이 지방세를 경감한다고 정합니다.

• 2028년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산은 취득세의 100분의 35를 경감합니다
• 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산은 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 100분의 35를 경감합니다(최대 5년이지만 현행법상 2028년 12월 31일까지라, 법이 연장되지 않으면 2029년 이후에는 경감되지 않습니다)

취득세는 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 지날 때까지 직접 사용하지 않은 경우, 그리고 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 경우에 경감액을 추징합니다. 재산세 경감은 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산에만 정해져 있으므로, 직접 쓰지 않는 해에는 재산세 경감 대상이 아닌 것으로 보입니다.

계약 전에 «예·아니오»로 답해 볼 네 가지

아래 질문에 답해 보시고, 하나라도 «아니오»이거나 답하기 어려우면 계약 전에 확인하시기를 권장합니다.

1. 지식산업센터를 설립한 자로부터 최초로 분양받는가. «아니오»(임차이거나 이미 입주한 사람에게서 사는 경우)라면 이 항의 감면 대상이 아닌 것으로 보입니다
2. 취득하는 자가 중소기업기본법상 중소기업을 영위하는 자이고, 그 자가 직접 쓰는가. 법인 명의면 취득자와 사용자가 일치해 이 점은 문제가 없어 보이고, 중소기업·최초 분양 요건은 따로 확인합니다. 법은 «직접 사용»을 소유자가 사업 또는 업무 목적에 맞게 사용하는 것으로 정합니다(지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호). 그래서 대표 개인 명의로 분양받아 법인이 쓰게 하면 소유자와 사용자가 달라져, 직접 사용 요건을 충족하지 못할 가능성이 높은 것으로 봅니다. 설립등기 전에 계약해야 한다면 ⑴ 계약자를 설립될 법인으로 하거나 설립 뒤 법인으로 바꿀 수 있는지 분양사에 묻고 ⑵ 그때도 «최초 분양» 요건이 유지되는지 서명 전에 세무사와 확인하시기를 권장합니다
3. 취득일부터 1년 안에 사업시설용으로 직접 쓸 수 있는가. 분양 잔금과 설립등기·사업자등록·내부 공사 일정을 함께 잡아 두시기를 권장합니다
4. 4년 이상 직접 쓸 계획인가, 임대하거나 팔 계획이 있는가. 분양받은 호실을 남에게 빌려주면 사업시설용으로 직접 사용하는 것이 아니거나 다른 용도로 쓴 것으로 볼 수 있어 추징이 쟁점이 될 수 있습니다

먼저 정할 것 ④ 대표의 돈과 법인의 돈을 첫날부터 나눕니다

법인 계좌나 카드를 대표 개인 용도로 쓰면 법인이 업무와 관련 없이 대표에게 돈을 빌려준 것처럼 다뤄질 수 있다고 판단합니다. 법인세법은 특수관계인에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등이 있는 법인의 차입금 이자 중 일정 금액을 비용으로 인정하지 않는다고 정합니다(법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 시행령 제53조 제1항).

이 규정은 법인이 차입금을 쓰고 이자를 지급할 때 문제가 됩니다. 조문이 «각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중» 계산한 금액을 대상으로 하고, 해당 가지급금 등에 상당하는 금액의 이자를 한도로 정하기 때문입니다. 차입금이 없는 법인은 이 규정으로 비용에서 빠질 이자가 없는 것으로 볼 수 있습니다.

차입금이 없어도 문제는 남습니다. 법인이 특수관계인인 대표에게 돈을 무상이나 시가보다 낮은 이율로 빌려준 것으로 보면, 조세 부담을 부당하게 줄인 거래로 보아 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산할 수 있습니다(법인세법 제52조 제1항·제2항, 시행령 제88조 제1항 제6호). 신설 법인도 첫날부터 나눌 이유로 봅니다.

첫날부터 법인 계좌와 카드는 법인 지출에만 쓰고, 대표가 법인에 넣는 돈은 출자·대여, 법인에서 받는 돈은 급여·배당·상환 중 무엇인지 그때 적어 두시기를 권장합니다. 이미 생긴 가지급금의 정리 순서는 법인 가지급금 정리, 먼저 원인과 세무상 성격부터 구분해야 합니다에서 다뤘습니다.

필수인 것, 권장하는 것, 정하는 시점

«필수»는 조문의 요구, «권장»은 이 글의 판단입니다.

항목	구분	정하는 시점
주주 구성과 지분율	권장	설립 등기 전
결산일(사업연도)	정관 등에 규정이 없으면 신고(필수). 정관에 적기를 권장	설립 등기 전
퇴직급여의 근거와 위임 조항	권장(없으면 손금 한도는 시행령 기본 산식)	설립 등기 전
사무실 확보 방식과 계약 명의	권장(감면 대상 여부에 영향)	분양 계약 전
법인 계좌·카드 사용 규칙	권장	설립 등기 전(첫 계좌 사용부터 적용)
이사 보수	보수를 줄 때 정관 또는 주주총회 결의(필수)	등기 뒤 첫 주주총회, 늦어도 첫 보수 지급 전
임원 상여금 지급기준	상여를 줄 때 필요(정관·주총·이사회 결의 중 하나)	등기 뒤 첫 주주총회, 늦어도 상여 지급 전
퇴직급여의 구체 금액·규정	권장(정관 위임 조항이 있는 경우)	임원 퇴직급여 지급 전

설립 뒤 매달 기장과 신고는 어디에 맡길까

정원세무회계는 단순 소액 기장(전자상거래·영세 프리랜서 등의 단순 신고 대행)을 다루지 않습니다. 맡길 곳은 맡기는 범위가 문서로 정해지는지, 신고 일정과 자료 마감일을 누가 챙기는지, 증빙을 어떻게 넘기는지를 보고 직접 정하시기를 권장합니다.

개인사업자에서 넘어오는 경우

이미 개인사업자라도 기존 사업을 이어가지 않고 새로 세운다면 이 글의 순서대로 보시면 됩니다. 사업 자산을 넘겨 그 사업을 이어간다면 자산을 넘기는 방식에 따라 세금이 달라지는 전환의 문제이므로 개인사업자 법인전환, 순이익 기준보다 먼저 비교해야 할 것과 개인사업자 법인전환, 결정한 뒤 4~6주 동안 실제로 하는 일을 먼저 보시기 바랍니다.

이 글의 한계

• 지식산업센터는 감면 요건과 추징 사유만 다뤘고, 직접 사용의 범위와 신청 절차는 확인하지 않았습니다
• 설립 등기 절차, 자본금, 인허가, 창업 감면, 특수관계인의 범위, 이미 과점주주인 사람의 지분이 늘어나는 경우는 다루지 않았습니다
• 세액과 유불리는 판단하지 않았습니다. 법령은 2026년 10월 6일 기준이니 결정 직전에 다시 확인하셔야 합니다

결론

법인을 세울 때 먼저 할 일은 설립 때 정한 것이 나중에 비싸지는 곳을 가려내는 일입니다. 주주 구성, 정관의 결산일·퇴직급여 근거, 사무실 확보 방식, 개인 돈과 법인 돈의 구분은 설립 등기 전에, 이사 보수 한도와 상여 기준은 등기 뒤 첫 주주총회에서, 늦어도 첫 보수·상여를 지급하기 전에 정하시기를 권장합니다.

공식 근거 및 확인일

• 「법인세법」 제109조(법인의 설립 또는 설치신고) 제1항(후단 포함) · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법」 제111조(사업자등록) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법 시행령」 제152조(법인의 설립 또는 설치신고) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「부가가치세법」 제8조(사업자등록) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법」 제60조(과세표준 등의 신고) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「국세기본법」 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 본문 단서·제2호 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「지방세법」 제7조(납세의무자 등) 제5항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「소득세법」 제94조(양도소득의 범위) 제1항 제3호 나목 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「상속세 및 증여세법」 제4조(증여세 과세대상) 제1항 제1호·제2호 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「상법」 제289조(정관의 작성, 절대적 기재사항) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「상법」 제388조(이사의 보수) · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법 시행령」 제43조(상여금 등의 손금불산입) 제2항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법 시행령」 제44조(퇴직급여의 손금불산입) 제4항·제5항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「상법」 제433조(정관변경의 방법) 제1항 · 제434조(정관변경의 특별결의) · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법」 제6조(사업연도) 제1항·제2항·제5항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법」 제7조(사업연도의 변경) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「지방세특례제한법」 제2조(정의) 제1항 제8호 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「지방세특례제한법」 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) 제2항 제1호(단서 가목·나목 추징 포함)·제2호 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법」 제52조(부당행위계산의 부인) 제1항·제2항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법 시행령」 제88조(부당행위계산의 유형 등) 제1항 제6호 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법」 제28조(지급이자의 손금불산입) 제1항 제4호 나목 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 「법인세법 시행령」 제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입) 제1항 · 법제처 국가법령정보센터 · 확인일 2026-10-06
• 다루지 않는 분야 · 정원세무회계 내부 자료

작성·검토

작성 박훈 세무사 · 최종 확인일 2026-10-06

내부 링크

• 개인사업자 법인전환, 순이익 기준보다 먼저 비교해야 할 것 — 이미 개인사업자일 때
• 개인사업자 법인전환, 결정한 뒤 4~6주 동안 실제로 하는 일 — 전환을 정한 뒤의 일정
• 법인 가지급금 정리, 먼저 원인과 세무상 성격부터 구분해야 합니다 — 법인 자금을 개인이 쓸 때
• 법인세 신고 전 점검, 결산·세무조정·신고기한을 구분해야 합니다 — 첫 신고 전에